Архив метки: биоинформатика

Свежие препринты: микробиология [2021-2]

Предоставляю обзор интересных препринтов сервера bioRxiv из раздела Microbiology, вышедших или обновлённых в январе 2021. В поле моего зрения были неклинические работы с максимальным уклоном в биоинформатику. 

Начнём с вирусов и единственной в подборке работы по коронавирусу 

A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia 

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.428212v1

Подковоносые летучие мыши, обитавшие в 2010 на севере Камбоджи, оказывается несли в себе коронавирус весьма похожий на нынешний, средняя идентичность генома более 92%. Теперь конспирологам придётся придумать очередную теорию, а желающие могут потренироваться в поисках коронавирусов, благо исходные данные выложены. 

Картинки по запросу "подковоносых летучих мышей"
Симпатичная мышь ищет штамм с низкой вирулентностью, жилплощадь есть, вредных привычек — нет.
Читать далее

Свежие препринты: биоинформатика [2021-1]

Представляю обзор препринтов (ещё неопубликованных статей, которые представлены для раннего ознакомления) с bioRxiv.org с начала 2021 года по 10 января в категории биоинформатика (и 2 из категории геномика). Из этого материала вы узнаете про долгожительство летучих мышей, кластеризацию при помощи выравнивания и филогенетических деревьев, филогенетический анализ без выравниваний и просто крутейший инструмент метагеномного анализа, который я в первый же рабочий день буду ставить на рабочую станцию.

Читать далее

Игры в обзоры препринтов (1)

Привет, читатели! Вдохновился трудами Сергея Попова по обзору препринтов в области астрофизики — http://xray.sai.msu.ru/~polar/sci_rev/current.html и захотел провести схожее изыскание в области, которой занимаюсь, — в биоинформатике. К сожалению, моя квалификация весьма низкая, но надеюсь полезную информацию вы сможете почерпнуть.

Изначально я хотел взять неделю с 30 марта по 5 апреля целиком, но обнаружил, что только один день — 30 марта занял очень много времени. В связи с этим я пока предоставлю вам пробу пера по разбору статей из категории биоинформатика сервера предпечатных версий статей, или же препринтов/манускриптов — biorxiv.org. Читать далее

Задачи и исполнители

На мой взгляд задачи биоинформатиков можно с определённой долей уверенности разделить на два группы:

— эффективно использовать существующие инструменты, максимально подходящие для выполнения работы и наиболее точно интерпретировать полученные результаты.

— разрабатывать новые инструменты (как минимум модифицировать существующие) для повышения производительности выполнения типовых работ, реализации новых алгоритмов и подходов, перенесения на другие языки программирования, включения в базы данных новой информации и т.д.

Разумеется, один и тот же человек может выполнять оба типа задач, и в определенные моменты переходить от одного типа к другому: например, столкнувшись с проблемами использования существующих инструментов, человек может попробовать реализовать свой подход, с другой стороны собственные реализации могут с лёгкостью быть превзойдены ПО, созданным другими разработчиками. Да и создав приемлемый инструмент можно перейти к его планомерному использованию, не впадая в перфекционизм и оптимизируя время выполнения в надежде получить выигрыш в несколько сотых секунды.

Такая классификация может быть успешно оспорена, но в заключении я ещё сделаю одно замечание. Даже не имея опыта в программировании вы, используя некий набор инструментов уже можете постепенно переходить ко второй категории задач, создавая средства автоматизации, пакетной обработки данных, конвейеры, последовательно осуществляющие обработку данных. А уж сколько всего было и будет придумано вокруг обработки данных выравнивания BLAST’ом! Сколько однострочников было запущено для тестового парсинга данных! Сколько информации было безвозвратно отправлено в /dev/null!